Dans l'industrie pharmaceutique, le polymorphisme peut avoir des effets catastrophiques. Il arrive en effet qu'un composé utilisé comme médicament (sous forme cristallisée) se transforme spontanément en composé de même formule, mais de forme différente, ce qui impacte directement son efficacité. Ce phénomène a notamment impacté la production du ritonavir, un médicament utilisé pour le traitement de l'infection par le VIH, en 1998.
Si le nouveau composé est plus stable que le composé original, même de façon infime, il "contamine" tous les stocks du composé original avec lequel il rentre en contact : quelques molécules seulement peuvent induire la transformation d'un médicament en composé polymorphe inefficace.
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