Le cerveau possède son propre système immunitaire, composé de cellules appelées microglies. En effet, en situation normale, les agents du système immunitaire classique ne peuvent pénétrer dans le cerveau du fait de l’existence d’une barrière vasculaire très serrée qui ne laisse passer que l'oxygène et quelques nutriments. Il fallait donc le doter de son propre système.

En raison de sa fragilité, le cerveau est isolé du reste du corps grâce à une structure appelée Barrière Hémato-Encéphalique (BHE), qui agit comme un véritable barrage. La grande majorité des toxines et agents infectieux est cloisonnée à l'extérieur. Il existe cependant des situations où le système immunitaire classique peut pénétrer cette BHE, comme dans les accidents vasculaires cérébraux, mais cette situation peut entraîner de graves complications.